Le Generalmajor Hans Junck est nommé Festungskommandant St-Nazaire le 29 septembre 1944. Ses services sont basés à La Baule autour de la villa Aeraki, ancienne résidence d’un consul général de Belgique. Son officier breveté, le chef d’état-major (Ia), est l’Oberst Pinski et son chef de renseignement (Ic) le Hauptmann Schmuck. Son adjudant (IIa) est le Hauptmann Kerll, le Rittmeister Engelken s’occupe lui des questions de personnel (Ib).
Le Festungskommandant a autorité sur l'ensemble des forces allemandes de la Poche par l'intermédiaire de 6 commandants militaires...

Le Festungskommandant a aussi autorité sur les Kommandantur (Platzkommandant Oberstleutnant Oskar Rittmayer), les hôpitaux (Oberfeldartz Dr. Ocker), les deux compagnies de transmission (Major Mehner), quatre compagnies de pionniers (Hauptmann Sobotha) et la Feldgendarmerie.
Le Festungskommandant doit rendre compte à son supérieur hiérarchique l’Admiral Theodor Krancke, commandant supérieur de la Marine à l’Ouest. Lors de sa prise de commandement des forteresses de l’Atlantique le 25 octobre 1944 Krancke déclare par radio « Je prends à ce jour le commandement des camps retranchés et des îles anglo-normandes. Je m’efforcerai particulièrement d’accroître par tous les moyens la capacité de résistance des camps retranchés et de satisfaire équitablement et le plus largement possible leurs demandes de ravitaillement et les besoins de la troupe. »

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Les soldats de la Kriegsmarine basés dans les fortifications autour St- Nazaire sont à l’écoute de la radio depuis le 6 juin 1944 pour suivre les opérations de Normandie. Le 1er août ils apprennent la percée d’Avranches, puis ils suivent la foudroyante progression américaine en Bretagne… c’est la libération de Rennes puis le 4 août celle de Redon à seulement cinquante kilomètres.
Des véhicules de toutes sortes amènent des soldats allemands d’unités diverses en déroute, qui n’ont qu’un mot à la bouche « Panzer, Panzer ! ». Tous se préparent à subir l’attaque des chars américains. Ils savent bien que ce combat ne devrait pas durer longtemps.  Ils n’ont pour faire face aux chars américains pas d’unités bien organisées, pas d’artillerie, ni de chars ou d’aviation. Un maximum de soldats est dirigé en urgence vers la route Nantes-Savenay d’où doivent déboucher les chars américains.
Le 7 août des Mosquitos viennent les bombarder et puis s’en vont. Les Allemands apprennent que la tête de pont de La Roche-Bernard est attaquée… et que les chars américains sont à Ancenis. Ces derniers libèrent Le Mans puis Nantes le 12 août. Le même jour ils sont à quelques kilomètres de Savenay et un avion lance des tracts pour inciter les Allemands à se rendre. Les vétérans déclarent que ces genres de tract sont en général lancés deux jours avant l’attaque…
Puis le 13 août, c’est la stupeur générale : la nouvelle arrive que les Américains se sont retirés à plusieurs kilomètres des limites de la Poche de Saint-Nazaire. Pourquoi, les Allemands ne le savent pas ! Ils décident alors de s’organiser plus activement.
Les équipages des flottilles de bâtiments désormais inutiles sont débarquées à terre, ainsi que les canons de ces navires. Les soldats creusent des fortifications, minent les accès à la Poche. Tous les soldats et une partie des ouvriers sont regroupés en groupes de combat commandés par des officiers énergiques et reçoivent une instruction de combattant à terre. Chaque groupe de combat prend le nom de l'officier qui le commande. La masse disparate de soldats en retraite, au moral très bas au début du mois d’août, va vite être transformée en une force solide et bien armée.

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Les parachutistes allemands constituent les meilleurs combattants allemands dans la Poche. Ces hommes très bien entraînés sont soient des vétérans des campagnes de Crête et d’Afrique comme le montrent leurs bandes de bras, soient de très jeunes hommes qui étaient à l’instruction. Les jeunes proviennent du Fallsch.E.u.A.Rgt. 2, régiment d’instruction qui était basé à Nantes, les vétérans des 3. et 5. Fallschirm Jäger Division, de Josselin ou de Rennes.
Ces hommes sont placés aux endroits les plus dangereux, c’est à dire du canal de Nantes à Brest à Cordemais, là d’où pourrait déboucher une attaque américaine avec des moyens blindés. Des rampants de la Luftwaffe du Flieger-Rgt. 32 sont mis à la disposition de ces unités. Tous ces parachutistes sont commandés par l’ancien chef du Fallsch.E.u.A.Rgt. 2 l’Oberst Deffner qui a installé son PC à Besné.
L’Oberst Mewis installe le PC de son Kampfgruppe à La Chapelle-Launay où se trouvait le camp de repos des sous-mariniers de la vallée Mismy, l’Oberst Bartel s’installe un peu plus au nord à Campbon.
Mewis a autorité sur les Unter-Kampfgruppe Brodowski et Hellmund qui gardent respectivement les secteurs de Malville et de Cordemais. Ce sont ces hommes qui effectuent les gardes lors des passages de trains de réfugiés à la gare de Cordemais. Bartel a placé son Unter-Kampfgruppe Losgar derrière Bouvron et le Unter-Kampfgruppe Mann autour de Quilly...

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Pendant l'encerclement de la Poche de Saint-Nazaire, des liaisons régulières par avion ont lieu avec l'Allemagne avec les avions du Transportgruppe 30 de l’Oberstleutnant Heinz Klamke. Cette unité dispose d’avions de transport Heinkel He111H et de quelques Focke-Wulf Fw 200C. Ces avions transportent le courrier dans les deux sens et divers matériels notamment sanitaires. A la grande surprise des civils français qui ne sont plus reliés avec l’extérieur ! Des hommes circulent aussi avec l’Allemagne...
Les longues nuits d'hiver favorisent les vols ; quatorze sont effectués jusqu'en octobre 1944, huit en novembre et trois en décembre. Les avions décollent à la tombée de la nuit de leur terrain d’aviation d’Esslinghausen près de Francfort pour arriver à Escoublac dans la nuit. En  1945 les vols seront de plus en plus espacés...

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Après la percée américaine d’Avranches, le Kapitän-zur-See Hans-Rudolf Rösing, chef à Angers du FdU West (commandement des U-Boote à l’Ouest) ordonne l’évacuation de la base sous-marine. La base, encerclée, n'a plus d'intérêt pour les U-Boote qui sont en plus systématiquement pris en chasse par les avions et les bâtiments de la Royal Navy. La 6. U-Flottille est dissoute tandis que la 7. U-Flottille est transférée en Norvège. L'activité des U-Boote cesse pratiquement.
Début août 1944, juste avant la fermeture de la Poche, trois bus emmènent des sous-mariniers vers l’Allemagne. Ceux qui restent vont être engagés à terre. Le Korvetten-Kapitän Adolf Piening, qui avait coulé 26 navires comme commandant du U-155, passe de commandant de la 7. U-Flottille à celui de chef de la base sous-marine.
Les départs vers l’Allemagne sont encore possibles jusqu’à fin août par le sud de la Loire. Le 10 août les femmes travaillant au K.M.W. partent, suivies deux jours plus tard par environ 400 ouvriers du K.M.W. qui prennent eux la direction de La Pallice. Le 22 août, 185 travailleurs plutôt âgés traversent la Loire à leur tour pour se diriger vers l’Allemagne en camions. Le 23 plusieurs bâtiments amènent des troupes à Paimboeuf, pour la plupart des navires c’est le dernier voyage en mer. Le Vizeadmiral Witold Rother, commandant des chantiers navals, accompagne leur départ par un « Hurrah » auquel répondent les équipages. 
Il reste sept U-Boote à Saint-Nazaire. Quatre quittent la base fin août 1944, les trois autres doivent attendre la fin des travaux de maintenance. Le 14 septembre le U-673 de l’Oberleutnant-zur-See Ernst-August Gerke part à son tour, il emporte beaucoup de courrier ainsi que le premier ingénieur de la 7. U-Flottille, le Kapitänleutnant Helmut Rohweder. Le U-267 de l’Oberleutnant-zur-See Bernhard Knieper est le suivant à quitter la Poche le 23 septembre 1944, il se dirige vers la Norvège. Il ne reste qu’un seul U-Boot basé à Saint-Nazaire, l’U-255 dont l’installation duschnorchel est retardée car l’arbre à came nécessaire est inexistant. L’opération est terminée le 9 octobre 1944, mais le U-Boot n’ayant pas encore de commandant reste au port.
Le Vizeadmiral Rother se retrouve avec encore de nombreux ouvriers désormais inutiles. Les travaux d’entretien et de réparation des U-Boote et des dragueurs de mines deviennent rares. Une partie du personnel du chantier naval est donc aussi rattachée à des unités d’infanterie pour constituer des sections de défense. Les autres vont rester pour construire des armements de fortune et recevoir les rares U-Boote qui vont encore accoster pendant la Poche.
Le 1er septembre, le bâtiment Carpolena effectue son dernier voyage. Il est amené au milieu du canal et sabordé. Le port de Saint-Nazaire est maintenant verrouillé, non seulement par ce bateau mais aussi par un barrage de filets tendu entre le port et Saint-Brevin...

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Au moment de l’encerclement de la Poche, une première évaluation des vivres existants est faite par le Vizeadmiral Rother, responsable du Kriegsmarinewerft. Les vivres permettent de tenir 52 jours. Il existait des stocks élevés de conserves dans la base sous-marine. De plus des stocks énormes viennent d’être rapportés du dépôt de vivres de Redon. Les céréales sont ramassées et moulues.
Craignant que les ressources de l’arrondissement ne puissent suffire à leurs besoins, les Allemands ordonnent l’évacuation d’au moins 40 000 personnes hors de la Poche. Sont visés par cette mesure tous ceux qui ne participent pas à la vie économique du pays. Sont exclus de l’évacuation les agriculteurs, boulangers, bouchers, cordonniers…, les administrations publiques, services de police, sanitaire, défense passive ; sont particulièrement concernés par l’évacuation les réfugiés de Saint-Nazaire. Après une longue discussion avec le Festungskommandant, le sous-préfet Antoine Benedetti arrive temporairement à le faire revenir sur sa décision, en contrepartie l’état-major impose un programme de livraison agricole.
Un système de réquisitions agricoles est mis en place avec toutes les communes de la Poche. La production qui doit être fournie par les agriculteurs aux unités du ravitaillement allemand est très précise. Pour le Nord-Loire par exemple, en septembre 1944, c'est chaque semaine mille quintaux de blé, 180 bovins, 300 kg de viande de porc par canton, deux œufs par poule et une demie livre de beurre par vache. Si les livraisons décidées n'ont pas lieu, les Allemands menacent de tout réquisitionner. L'accord établit cependant que tant que ces livraisons sont respectées, toute réquisition arbitraire de la part des soldats est interdite.
Grâce à ces réquisitions, fin septembre 1944, il est constaté qu’avec un rationnement strict la forteresse peut-être approvisionnée en vivres pendant treize mois. Ce chiffre augmente encore par la suite, ce qui permet la cession de farine à la Poche de Lorient. En effet, constatant que le siège va durer, l’état-major a augmenté ses impositions agricoles pour constituer des réserves : le nombre de bovins passe de 180 à 240 puis 380 bêtes, 800 tonnes de blé sont prélevées en tout sur la récolte de 1944… toutes les espèces de choux sont réquisitionnées le 18 novembre 1944.
Le gigantesque frigo situé à côté de la base sous-marine est conservé en état, ce qui va permettre à la troupe d’être approvisionnée en viande durant tout le siège. De plus dans la base sous-marine une compagnie de boulangers de l’armée est installée. Ils peuvent cuire le pain en toute sécurité, puis le stocker au sec dans une alvéole inutilisée. Il existe aussi suffisamment de moulins pour moudre les céréales, le seul problème étant de leur fournir du courant.

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

La situation des combustibles au début de la Poche est la suivante : seulement 250 tonnes de charbon, car 1000 tonnes viennent d’être livrées à Brest. Mazout : 2500 tonnes, gazole : 1100 tonnes en dehors de celui qui se trouve encore dans les bâtiments de la Kriegsmarine. Après l’armement des sous-marins carénés et le remplissage de leurs réservoirs pour le départ, il ne reste fin septembre que 750 tonnes de gazole destinées à l’énergie électrique.Dans la base sous-marine deux centrales électriques avec chacune 4 moteurs de 1200 chevaux peuvent être utilisées comme sources d’énergie avec le gazole. Les nombreux petits groupes électrogènes des très nombreuses batteries de Flak ne peuvent être utilisés, ils sont de toute façon trop consommateurs de carburant.
Ces deux centrales peuvent fonctionner avec les stocks de gazole 2 mois tout au plus, c’est pourquoi une planification à long terme doit être mise en place...
Il faut alors trouver un moyen d’utiliser les réserves relativement importantes de mazout. Il est décidé de n’utiliser les centrales électriques de la base qu’en cas d’urgence. Une transformation de la chaudière de la centrale électrique française du port se révèle impossible. Le problème est très important, car la production de pain en dépend.
C’est à ce moment qu’arrivent de Brest au port de Saint-Nazaire 4 bâtiments chasseurs de sous-marins. Ces bateaux présentent l’avantage de pouvoir brûler du mazout dans des chaufferies convenables. C’est pourquoi une conduite de vapeur est construite, reliant la centrale électrique française vers les bâtiments chasseurs de sous-marins dans le port. Après un bref rodage, le fonctionnement répond à toute attente et ce système peut durer pendant tout l’encerclement...
Dans le même temps des mesures très strictes sont prises pour l’économie d’énergie. Pour la troupe il y a de l’éclairage deux jours par semaine et le dimanche à partir de novembre 1944, et un jour par semaine et le dimanche à partir de janvier 1945. Cette électricité est distribuée uniquement pour les troupes en repos. Evidemment il n’y a pas de courant pour les troupes se trouvant sur la ligne de front. Les stocks d’essence sont si faibles qu’ils sont uniquement réservés aux voitures de l’état-major du Festungskommandant. L’ensemble assez important du trafic de camions se fait avec des véhicules à gazogène. Un stock d’essence est conservé pour être utilisé en cas d’attaque sur la Poche.

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

L’artillerie allemande sur le front de la Poche est jugée insuffisante. Il est décidé de rendre mobiles de très nombreux canons fixés sur les bateaux ou installés dans des blockhaus sur la côte. Pour cela, 800 ouvriers spécialisés de la base travaillent sur la construction de batteries mobiles sur wagon de chemin de fer, d’affûts pour des pièces jusqu’à 105 mm, et de fondations pour des pièces lourdes d’artillerie de côte. Deux cents affûts mobiles pour canons sont réalisés, de nombreuses pièces côtières jusqu’à un calibre de 170 mm sont tournées vers les terres en position fixe...

Plusieurs bateaux français sont réquisitionnés début septembre 1944 pour rapporter du matériel de l'île de Noirmoutier. Pendant plusieurs journées ces bateaux vont faire la navette entre Noirmoutier et le port de Pornic, rapportant matériel et munitions en grand nombre. Six canons Feldhaubitzen de 155 mm sont récupérés sur des batteries côtières de l’île et installés au sud de la Loire.
Un des canons de 240 mm sur voie-ferrée, anciennement situé à la batterie 4./MAA 280 de Batz-sur-Mer, est utilisé entre sa position de repli le tunnel de Pontchâteau et son aire de tir à Savenay. Des canons de 10,5 cm SKC/32 sont enlevés des batteries de Marine Flak de la forteresse et installés sur des wagons de chemin de fer dans le secteur de Bouvron. Cette batterie sur voie ferrée nommée « Bello » est commandée par le Kapitänleutnant Heinz Dölitzsch du Marine Flak Abteilung 705. Elle va notamment servir de protection anti-aérienne lors des déplacements du canon sur rail de 240 mm. Deux canons de 170 mm de la 3./MAA 280, batterie du fort de l’Eve, sont installés sur les hauteurs de Lesnais.Des installations spéciales sont mises en place...

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)

Dès la fermeture de la Poche les Allemands sont désireux d’évacuer de la forteresse plusieurs dizaines de milliers de civils, qu’ils considèrent comme des bouches inutiles. Grâce aux talents de négociateur du sous-préfet ce ne sont que quelques milliers de volontaires qui quittent la Poche à pied du 5 au 10 septembre 1944. Avec le temps qui passe ce nombre paraît insuffisant aux Allemands. L’état-major se réunit pour discuter des modalités d’une évacuation de masse.
La discussion se tient dans la villa Aéraki à La Baule...

L’intendant présente la situation « Les gens qui vivent dans les campagnes se débrouillent, ils ont suffisamment de viande mais le pain sera épuisé fin janvier. Les 40 000 habitants des villes côtières et les réfugiés nazairiens doivent quant à eux être évacués d’une façon ou d’une autre. » S’adressant à l’Hauptmann Mueller, en contact avec l’administration française, il demande « Pensez-vous que les civils seraient volontaires pour évacuer si on le leur proposait ? »
Le Hautpmann Mueller répond « Certainement une grande partie de ceux qui ne sont pas autonomes, mais 40 000 ? Cela me paraît beaucoup. Et il se pose alors le problème du transport. A Dunkerque ils ont fait évacuer toute la population à pied, mais ici la forteresse est trop grande.»
Le médecin-chef  de la forteresse prend la parole à son tour « Nous pouvons soigner ici dans nos hôpitaux de La Baule, de Pontchâteau et de Saint-Brevin les civils qui se présentent. Mais en cas d’attaque sur la forteresse, nous devrons réserver ces lieux pour nos troupes. Il serait donc bon d’évacuer ces civils. »
Le chef du renseignement est lui, contre une évacuation « les civils sont au contact de nos troupes. S’ils sont évacués, le deuxième bureau français va connaître toutes nos positions et nos effectifs. » (Il avait raison !). Pour le chef d’état-major l’opération paraît compliquée tant au niveau des transports que du lieu d’évacuation. 
Le problème reste posé. Une population affamée représente un danger pour une troupe d’occupation. La séance est levée et remise à plus tard. C’est l’avis du Festungskommandant Junck qui va compter, et il est pour. Les évacuations recommenceront fin octobre, par trains cette fois-ci.

("L'incroyable histoire de la Poche de Saint-Nazaire" par Luc Braeuer, Conservateur du Grand Blockhaus)